À la fin du premier Empire, placé à l’extrémité d’une crique qui servait d’issue aux eaux de la Liane, le port proprement dit n’en occupait qu’un des bords ; les eaux de la mer remontaient jusqu’à plus d’une lieue et demi de la ville. Deux jetées étaient placées à l’entrée du port ; une petite portion de la rive droite était revêtue d’un mur de quai. Là était le quartier de la ville habité par les pêcheurs.

La loi du 28 juin 1829 prévoyait la construction de deux nouvelles jetées orientées vers le Nord-Ouest : ce fut chose faite en 1834. Désormais l’entrée du port était beaucoup plus sûre et les quais étaient accessibles à des navires deux fois plus grands qu’auparavant.

En 1839, les quais de l’est furent reconstruits en maçonnerie et, en 1845, un barrage éclusé permit, à marée basse, de dévaser le port.

Dès 1856, la Chambre de Commerce réclamait avec insistance le creusement d’un bassin à flot, dont les travaux  débutèrent en 1859, en même temps que la reconstruction du quai Bonaparte à l’ouest du port. Le bassin fut livré à la navigation en juillet 1868 ; il offrait un plan d’eau de 7 ha, bordé par près d’un km de quai et un terre-plein de 20 à 24 m de large pour entreposer les marchandises, et communiquait avec l’avant-port par une écluse à sas de 100 m de long sur 21 m de large.

La loi du 18 juin 1878 déclara d’utilité publique la construction d’un port en eau profonde à l’abri d’une grande digue. Les aménagements du port de marée et du port en eau profonde furent menés de pair. Après le creusement du port de marée et la reconstruction des quais qui le bordent (quais Gambetta et Chanzy) en 1891-1893, il fallut huit années pour faire aboutir les nouveaux projets mais, à partir de 1901, le port fut un gigantesque chantier.

Pour désencombrer le port intérieur, le creusement d’un nouveau bassin de marée fut réalisé entre 1902 et 1911 ; le Président Loubet, qui posa la première pierre en 1903, lui donna son nom. Il offrait un plan d’eau de 6,4 ha entouré de 10 ha de terre-pleins ; l’ensemble abrité par une digue de près de 600 m.

À partir de 1911, débuta la construction d’une nouvelle jetée afin d’élargir le chenal ; les travaux bien engagés, furent interrompus par la guerre.